成吉思汗几乎是与丘处机同年同月去世的，成吉思汗享年六十五岁，而丘处机则高寿，享年七十九岁。这一年，耶律楚材才三十七岁，春秋正盛。

　　耶律楚材妥帖地安排了窝阔台继位的事务。窝阔台继位后果真对他委以重任：中书令，行政最高长官，相当于宰相。在这前后，耶律楚材做了一系列大事。例如——

　　一、耶律楚材选择并任命了自己的两个主要助手——右丞相和左丞相。让人惊异的是，这三个包括耶律楚材在内的最高行政官员，没有一个是蒙古人，也没有一个是汉人，却都熟悉汉族的典章制度。这种安排在蒙古人掌权的朝廷里，显得非常开通又非常奇特。

　　二、蒙古贵族中还有很多保守将领无视成吉思汗“不杀掠”的遗嘱，继续主张大规模杀人。据《元史》载，近侍别迭等人主张：“汉人无补于国，可悉空其人，以为牧地。”这显然是一个极端恐怖的政策，把汉人杀尽或赶光，使整个中原成为牧地，也就是把农耕文明全部蜕变为游牧文明。耶律楚材为了阻止这个主张，就给窝阔台算了一笔账，说我们每年需要的五十万两银子、四十万石粮食、八万匹帛匹，全都来自中原的税收和盐、酒、冶铁等百业，怎么能够不要汉人？窝阔台要耶律楚材就此提供证明，来说服朝廷中保守的蒙古军人。第二年耶律楚材确实以税收的方法为朝廷提供了大量财富，使窝阔台非常高兴。这就奠定了蒙古政权从游牧文明转向农耕文明，并实行税收制度的基础。

　　三、窝阔台征服金国时，有的将领根据蒙古军的老规矩，坚持一个城市若有抗拒，破城之后必须屠城。当时，汴梁城抗拒了，那些将领准备照此办理。耶律楚材立即上奏窝阔台，说如果我们得到的是没有活人的土地，那又有什么用！结果，破城后除了处决金国皇室完颜一家外，保全了汴梁城一百四十多万人的生命。从此，放弃屠城政策成为一个定例，从根本上改变了蒙古军队的行为方式。

　　四、蒙古军队占领一地，必定由军事将领管辖一切，毫无约束，横行霸道。耶律楚材提出把军事权力和民政权力分开，并使它们势均力敌，互相牵制。民政权力由文官执掌，军事权贵不得侵犯。在文官职位上，耶律楚材大量起用汉族知识分子，让他们着重负责征收税赋的事务。甚至，他向窝阔台直接提出了“制器者必用良工，守成者必用儒臣”的政策，大大改良了政权的文化品质。这样做的结果，也让他这个行政首长有效地控制了财政权，构成了财政、军权、法权的三权鼎立。

　　五、耶律楚材还采取一系列措施，及时控制了高利贷、通货膨胀、包揽税收和种种贵族特权，成功实行了以经济为主轴的社会管理。

　　六、蒙古军队每占领一地，还会很自然地把当地人民当成自己的变相奴隶。耶律楚材决定“奏括户口，皆籍为编民”，也就是以户籍制来使这些变相奴隶重新变成平民。由于户籍制，一系列税赋制也有了实行的保证。

　　七、耶律楚材还以很大的热情尊孔，正式以儒家经典来办学招士。

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　　这一切理性管理措施，使蒙古的历史发展到了一个全新的阶段，并且决定了后来元朝的基本格局。

　　遗憾的是，窝阔台死后，皇后摄政，反对汉化，与耶律楚材激烈争吵，结果把这位名相活活气死了，享年五十五岁。

　　他死后，政敌对他的家庭财产进行了查抄。结果发现，“惟琴阮十余，及古今书画金石、遗文数千卷”，除此之外没有任何财产。真是太廉洁了。

　　所幸，耶律楚材去世十余年后，忽必烈继位，耶律楚材所制定的种种方略重新获得尊重。